最近出版的一系列澳门问题明清档案文献汇编显示，直到鸦片战争之前，中国明、清政府始终对澳门行使着主权 与治权。当时中国对葡萄牙人入住后的澳门的政策和管理措施经历了一个开始时想将其驱除，以后设立关卡，防其北上，到最 后同意其居留、默许其在一定范围内设立自治机构，但在事关主权的重大问题上仍坚持对其严格管理的过程。

　　一五七二年至一五七三年间，一个偶然的事件使葡萄牙人将私授给中国官员的贿赂五百两银子变成每年向中国政 府交纳的地租，后又加“火耗银”十五两。葡萄牙人向中国政府交纳地租，表明他们承认澳门是中国领土。中国官府收受他们 的地租，而且将这笔地租载入当时的《广东赋役全书》，显示出中国对澳门拥有无可争议的主权。这也表明中国官府正式允准 葡人在澳门租地居留，使之至此拿到了澳门的“绿卡”。

　　葡萄牙人在澳门久居后，逐步建立起一套自治机构，管理其在澳门的内部事务，但这种自治管理是在中国政府对 澳门管辖的前提之下进行的，并无权管理澳门的中国人。澳门完全是中国的领土，明代属香山县管辖，香山县在澳门派驻了常 驻官员。

　　葡萄牙人在澳门建立自治机构时擅自将澳门作为葡萄牙城市，又擅自在澳门设驻总督等官吏，都是严重侵犯中国 主权的行径。后来，明政府对这些情况有所察觉，采取了一些制裁行动，因而，一五八七年二月十六日葡萄牙指示它驻澳门的 首席法官，不得干预澳门中国人的事务。在鸦片战争以前的近三百年时间，澳门的葡萄牙总督及议事机构只管理澳门葡萄牙人 的内部事务，中国政府在澳门还有一套管理机构，一直有效地行使着主权和治权，在澳门的中国人也不受澳门市议事局的管辖 。　

　　明朝在向葡萄牙人收取税收的同时，也允许葡萄牙人在澳门向葡萄牙商船另行抽税，作为其自治机构的经费。对 此，葡萄牙人还不满足，曾抱怨说，葡王陛下在澳门并没有其他收入，是因为这一地方“位于中国皇帝的领土内，他夺去了其 他一切收入”。但这也反映出，明朝对澳门充分地行使着国家主权。

　　明朝政府还参照唐、宋两代管理广州外国侨民的“番坊”制度，任命澳门的葡萄牙人为中国的低级官员，称为“ 夷目”，并在澳门专门修建了一座议事亭，中国官员在这里向“夷目”宣读政令。平日，明朝香山县的官员和驻澳门的官员处 理澳门的日常政务，重大事件发生时，两广总督等封疆大吏直接过问这一地区政务。每当中国官员巡视澳门时，澳门的葡萄牙 人接待礼节极隆重，这种传统一直保持到鸦片战争前林则徐巡视澳门时。这种中国政府并在治安、土地、税收等方面对澳门严 格管理。十七世纪二十年代，广东海道副使俞安性将中国政府管治澳门葡萄牙人的种种办法具体化为五条禁令，并将禁令铭刻 在石碑上公布施行。

　　一六四四年明朝灭亡后，康乾盛世时的清王朝仍继承明朝旧制，坚持对澳门行使完全的主权和治权。在对澳门的 管治的一些方面还有所加强。雍正九年，清政府由相当于副县长的香山县丞专责管理澳门事务。乾隆八年，增设比县丞级别更 高的广州府海防军务同知一职，专责澳门事务，首任海防同知印光任制定了七条澳门葡萄牙人和外船进出澳门港口必须遵守的 规定。在司法和关税等方面也相应加强了管理。

　　鸦片战争后，中国沦为半殖民地、半封建社会，葡萄牙也趁机追随西方列强，利用中国政府的腐败，摆脱了中国 政府对澳门的管治，并凭借武力扩大了在澳门的地盘。但是即使是一八八七年将澳门“永租”给葡萄牙的《中葡和好通商条约 》，也规定未经中国首肯，葡萄牙不得将澳门让与他国，这就是说，澳门的主权仍然属于中国。