处于中国东海大陆架上的台湾海峡，地形起伏不平，北部水深60至80米，南部水深40至50米，平均水深约60米。海峡中有一个东北--西南向的隆起带，由台湾浅滩、台中浅滩和澎湖列岛组成。东西两侧各有20米和50米水深的两级阶地。东侧阶地轿窄，50米等深线距岸一般为10至20千米；西侧阶地向外延伸，宽度较大，50米等深线距岸达40至50千米，并在几处河口外有横切的峡谷。南口有台湾浅滩，与西南阶地相连，由900余个水下沙丘组成，呈椭圆形散布，东西长约140千米，南北宽约75千米，水深10至20米，最浅处8.6米，滩上有急流，水文情况复杂。台中以西的台中浅滩，与东部阶地相连，东西长100千米，南北宽18至15千米，水最浅处9.6米。两浅滩之间为澎湖岛岩礁区，南北长约70千米，东西宽46千米，由岛屿、礁石和许多水下岩礁组成，北部岛礁分布较集中，水道狭窄；南部岛礁分散，水道宽阔。

　　澎湖列岛与台湾本岛之间有澎湖水道，南北长约65千米，宽约46千米，为地壳断裂形成的峡谷，水深由北部70米逐渐向南渐深至160米；再往南延伸，水深达1000余米，是连通南海海盆的海峡最深处。澎湖水道为台湾西岸南北之间和台澎之间联系的必经通道。另一峡谷为八罩水道，东西走向，宽约10千米，水深70余米，分澎湖列岛为南北两群，为通过澎湖列岛的常用通道。

　　海峡海底底质中部为细沙，东部以细沙为主，近岸处偶有粗沙和软泥，台湾岛南北端近岸有部分岩底。澎湖列岛附近主要为沙底，并有砾石和基岩外，主要为粉沙质粘土软泥。