1991年11月，宫泽喜一出任自民党总裁和日本首相。1993年7月自民党因丑闻迭起，在众议院大选中失败。同月22日，宫泽宣布辞职。自民党结束了38年一党执政的历史。

　　1993年8月6日，以日本新党党首细川护熙为首相的8党派联合政权成立，自民党38年来首次沦为在野党。1994年4月8日，细川因涉嫌金钱丑闻等辞职。1994年4月28日，8党派联合政权中的新生党党首羽田孜继任首相。由于新生党等排挤社会党，导致社会党脱离联合阵营，羽田内阁遂成为少数派政权。是年6月25日，羽田宣布辞职。1994年6月30日，自民党、社会党和新党魁联合组阁，社会党委员长村山富市受三党推举当选为首相，自民党重返执政地位。村山于1996年1月5日宣布辞职。1996年1月11日，自民党总裁桥本龙太郎当选为首相。1998年7月12日，自民党在日本参议院选举中严重受挫，桥本龙太郎于13日辞去了自民党总裁和政府首相之职。1998年7月30日，自民党新总裁小渊惠三当选为日本首相。2000年4月2日，小渊突然病倒住院，并处于昏迷状态。根据日本宪法的规定，小渊内阁在4日宣布集体总辞职。2000年4月5日，自民党新总裁森喜朗被推举为日本新一任首相。由于在任内的一系列“失言”和失误，森喜朗内阁的支持率一度下降到5.6％。今年4月18日森喜朗正式宣布辞职。2001年4月26日下午，日本自民党新总裁小泉纯一郎在众参两院分别举行的全体会议上当选首相。